Perpustakaan IAIN Ponorogo telah menjalin kerjasama dengan beberapa Perguruan Tinggi dan lembaga lain, di antaranya adalah sebagai berikut :
- Perpustakaan Nasional
- Perpustakaan Universitas Muhammadiyah Ponorogo dalam hal aksesibilitas perpustakaan
- Universitas Darussalam Gontor dalam hal aksesibilitas perpustakaan
- Anggota Forum Perpustakaan Perguruan Tinggi Indonesia (FPPTI) – Sertifikat Kerjasama FPPTI
- Anggota Forum Kerjasama Perpustakaan Perguruan Tinggi Negeri (FKP2TN)
- Anggota Asosiai Perpustakaan Perguruan Tinggi Islam (APPTIS)
- Dinas Perpustakaan dan Kearsipan Kabupaten Ponorogo
- Kerjasama dengan PT Enam Kubuku Indonesia dalam hal penggunaan aplikasi program perpustakaan digital
- Bank Indonesia yang telah menghibahkan fasilitas kepada perpustakaan IAIN Ponorogo berupa BI Corner